Une vérification de comptabilité peut être suivie d'un contrôle sur pièces
À la suite d'une vérification de comptabilité, l'administration peut corriger les insuffisances ou erreurs dont la découverte résulte de l'examen du dossier du contribuable dans le cadre d'un contrôle sur pièces au titre du même impôt et de la même période.
Les dispositions de l'article L 51 du LPF, qui prohibent les vérifications successives au titre des mêmes impôts et pour la même période, ne font pas obstacle à ce que, à la suite d'une vérification de comptabilité, l'administration fiscale corrige dans le délai de reprise les insuffisances ou erreurs dont la découverte résulte de l'examen du dossier du contribuable, dans le cadre d'un contrôle sur pièces au titre du même impôt et de la même période.
A noter : Le Conseil d'Etat s'est déjà prononcé en ce sens (notamment CE 4-2-2008 no 296651). Il a également précisé que l'administration peut, à l'inverse, procéder à une vérification de comptabilité après avoir effectué un contrôle sur pièces (CE 20-3-1985 no 45589).
En l'espèce, la cour administrative d'appel avait considéré que l'administration avait contrevenu « au principe de loyauté » en procédant, pour le même impôt et le même exercice, à une rectification dans le cadre d'un contrôle sur pièces en même temps qu'elle concluait une transaction à l'issue de la vérification de comptabilité et en poursuivant le recouvrement des suppléments d'imposition consécutifs au contrôle sur pièces simultanément à l'exécution de la transaction. Le Conseil d'État censure cet arrêt pour erreur de droit dès lors qu'il s'agissait de chefs de rectification distincts.
Examen de comptabilité et amende liée à la remise du FEC : Bercy assouplit sa doctrine
Lors d'un examen de comptabilité, l'article 1729 D, II du CGI sanctionne d'une amende égale à 5 000 € le défaut de transmission de fichiers des écritures comptables (FEC) dans le délai de quinze jours à compter de la réception de l'avis ou la transmission de FEC non conformes aux normes exigées.
À l'occasion d'une mise à jour de sa base Bofip du 21 janvier 2026, et dans le silence de l'article 1729 D du CGI, l'administration précise désormais que l'amende ne s'applique qu'une seule fois par contrôle, quel que soit le nombre d'exercices contrôlés (BOI-CF-DG-40-20 no 390).
A noter :
1. L'administration revient sur sa doctrine antérieure, selon laquelle l'amende s'appliquait pour chaque exercice pour lequel la copie du FEC n'avait pas été remise au vérificateur ou n'était pas conforme aux normes exigées (BOI-CF-DG-40-20 no 430 : FR 41/17 inf. 4 no 4 p. 12).
2. L'administration transpose à l'examen de comptabilité la position de faveur qu'elle avait déjà adoptée, à l'occasion d'une mise à jour de sa base Bofip en date du 15 décembre 2021, dans le cadre des sanctions applicables en cas de défaut de présentation du FEC lors d'un contrôle des comptabilités informatisées prévues par l'article 1729 D, I du CGI (BOI-CF-IOR-60-40-10 no 290 : BF 2/22 inf. 165).
Tribune - Contrôle fiscal à l'ère numérique : du FEC à la facturation électronique, la transparence s'impose aux entreprises
Magali BESNARD, avocat associé chez KPMG Avocats, spécialisée en contrôle fiscal, digitalisation de la fonction fiscale et facturation électronique - Laurent CHETCUTI, avocat associé chez KPMG Avocats, co-responsable du département Fiscalité indirecte
Le contrôle fiscal évolue vers une numérisation toujours plus accrue : après le Fichier des Écritures Comptables (FEC), la facturation électronique va devenir obligatoire à partir de 2026. L'administration fiscale accèdera alors aux données en temps réel, renforçant la transparence et l'automatisation des contrôles. Les entreprises doivent maîtriser la qualité de leurs données et anticiper la conformité pour limiter les risques de redressement. Magali Besnard et Laurent Chetcuti, avocats associés chez KPMG Avocats analysent en détail les répercussions de cette mutation pour les entreprises.
L'évolution des outils numériques utilisés par l'administration fiscale française transforme structurellement les modalités de contrôle des contribuables. L'instauration du Fichier des Écritures Comptables (FEC) en 2014 a marqué un tournant dans le contrôle fiscal. La mutation s'accélère avec les mécanismes européens de reporting automatisé (CESOP, DAC 7, 8, etc.) et culminera avec la généralisation de la facturation électronique à partir de 2026.
Ces dispositifs reposent sur une logique commune : l'acquisition de données brutes, déconnectées des déclarations normées transmises directement à l'administration, sans recours préalable au débat contradictoire. Ce changement de paradigme modifie profondément les garanties procédurales classiques et impose aux entreprises une maîtrise accrue, et en amont, de leurs flux d'information comptable et fiscale.
Le FEC : les prémices de la mutation - Une obligation réglementaire structurante
Depuis le 1er janvier 2014, l'article L 47 A du LPF impose la remise du FEC en cas de vérification de comptabilité pour toute entreprise tenant une comptabilité informatisée (l'obligation s'applique également, depuis 2017, en cas d'examen de comptabilité ; mais seules les vérifications sont traitées ici). Ce fichier, normalisé par un arrêté du 29 juillet 2013 (LPF art. A. 47 A,1), doit comporter un ensemble de champs obligatoires permettant une lecture exhaustive des écritures comptables de l'exercice.
L'absence ou la non-conformité du FEC peut entraîner, cumulativement :
- une amende de 5 000 € ou une majoration de 10 % des rehaussements (CGI art. 1729 D, I) ;
- une évaluation d'office (LPF, art. L 74) avec renversement de la charge de la preuve dès le début du contrôle et application d'une pénalité de 100 % des suppléments d'impôts recouvrés (CGI art. 1732).
En outre, la remise d'un FEC conforme techniquement mais contenant des anomalies graves et répétées peut entraîner un rejet de comptabilité. L'application des pénalités de 40 % (manquement délibéré) ou 80 % (manœuvres frauduleuses) est possible.
Le rejet de comptabilité n'est plus une simple menace théorique : il est désormais effectivement appliqué en cas de non-conformité aux règles comptables, notamment avec l'avènement du FEC.
En droit fiscal, le respect du droit comptable est central. L'article 38 quater de l'annexe III au CGI rappelle que les entreprises doivent appliquer les règles du Plan comptable général (PCG), sauf incompatibilité avec les règles fiscales. Autrement dit, la fiscalité prend appui sur la comptabilité, sauf exception. Le résultat fiscal est donc un résultat comptable corrigé par des retraitements extra-comptables. Ainsi, une provision ou un amortissement n'est fiscalement déductible que s'il est comptabilisé dans l'exercice concerné. Les retraitements fiscaux prennent la forme de réintégrations (charges non déductibles) ou de déductions (exonérations, régimes de faveur).
Prenons l'exemple des amortissements :
- en comptabilité, on applique un amortissement linéaire basé sur la durée réelle d'utilisation et la valeur résiduelle ;
- en fiscalité, on retient la durée d'usage (souvent plus courte) et la valeur résiduelle est ignorée.
Si l'entreprise opte pour un amortissement dégressif fiscal, elle devra comptabiliser un amortissement dérogatoire pour combler l'écart avec la norme comptable.
Cette connexion fiscalo-comptable, bien qu'historique, tend à s'atténuer, notamment sous l'influence des normes IFRS qui accentuent les divergences entre résultat comptable et résultat fiscal. Cela peut d'ailleurs être critiqué : cette porosité entre les règles comptables et fiscales ouvre la voie à des interprétations extensives de la part des vérificateurs, qui peuvent s'appuyer sur une lecture « fiscale » du droit comptable pour justifier un redressement.
Le FEC : les prémices de la mutation - Un outil d'analyse automatisée
Avec l'obligation de remettre un FEC au début du contrôle, les entreprises doivent fournir leur comptabilité dans un format structuré, normalisé, interrogeable automatiquement, ce qui constitue un réel changement de paradigme.
Ce fichier est devenu, en cas de vérification, le point d'entrée de l'analyse de l'administration fiscale. La logique de standardisation des données, initiée par le FEC, a ainsi créé une nouvelle forme de contrôle : plus rapide, plus ciblé, plus difficile à anticiper si l'entreprise n'a pas elle-même analysé ses propres fichiers en amont.
Quelques exemples :
- des anomalies formelles : erreurs de structure, journaux absents, écritures non équilibrées ;
- des incohérences comptables : recours massif aux comptes d'attente (471) et aux factures non parvenues (FNP), enregistrements postérieurs au dépôt de liasse ou massifs en fin d'exercice, écritures centralisées ;
- des écarts de TVA : rapprochement entre écritures et déclarations périodiques.
Le FEC constitue donc le socle technique et symbolique du contrôle fiscal numérique moderne : il matérialise la bascule vers une fiscalité de données, structurée et automatisée, qui place la maîtrise des systèmes d'information au cœur de la relation entre entreprises et administration.
De la procédure de contrôle à la captation multicanale des données - Le CFCI : un outil mieux maitrisé par les vérificateurs
Le contrôle fiscal des comptabilités informatisées (CFCI), qui permet à un vérificateur d'accéder aux données qui concourent directement ou indirectement aux résultats comptable et fiscal et aux déclarations, est régi par les articles L 47 A, A. 47 A-1 et A. 47 A-2 du LPF.
La possibilité d'adresser une ou plusieurs demandes de traitement est soumise à une procédure stricte. Elle impose notamment :
- une information préalable du contribuable sur l'objet du traitement,
- un choix entre 3 options (propre à chaque demande de traitement),
- le respect du principe du contradictoire.
Ces demandes permettent à l'administration de vérifier, par exemple, la cohérence des données de facturation avec la comptabilité générale.
À l'heure actuelle, l'inconvénient majeur du CFCI pour l'administration est la durée du contrôle, qui est généralement plus longue en raison de la nécessité de prendre connaissance de l'organisation des systèmes d'information de l'entreprise et des difficultés liées aux traitements. Il exige également une bonne appréhension de ces systèmes d'information par le vérificateur, pour comprendre le cheminement de la donnée financière et en tirer les conséquences adéquates.
Historiquement réservé aux « BVCIstes » (membres de la Brigade de Vérification des Comptabilités Informatisées), le recours aux demandes de traitement s'est renforcé avec l'arrivée du FEC et la formation des vérificateurs généraux sur la donnée et les environnements informatiques.
En pratique, les demandes de traitement les plus fréquemment utilisées par les vérificateurs concernent :
- La TVA collectée et la réconciliation du chiffre d'affaires : grâce à ce type de traitement, le vérificateur souhaite vérifier le chiffre d'affaires réalisé, comptabilisé et déclaré, le respect des règles de taxation des opérations à la TVA et le respect des règles de facturation, notamment les mentions obligatoires, la validité des numéros de TVA intracommunautaires, la séquentialité et la chronologie des factures.
- L'étude des marges réalisées et la cohérence avec la politique de prix de transfert exposée : lors de ce type de traitement, le vérificateur demande de calculer la marge brute et la marge nette par produit ou gamme de produits.
- Le contrôle de la valorisation globale des stocks (quantité, prix de revient et frais accessoires) à la fin de chaque exercice vérifié : ce traitement permet au vérificateur de discuter la méthode de calcul de la provision pour dépréciation des stocks.
- Le contrôle des bases d'impôts locaux pour les établissements industriels : le vérificateur travaille à partir du registre des immobilisations pour recalculer la valeur locative.
Dans la pratique, ces traitements donnent lieu à des redressements significatifs.
L'administration s'appuie sur l'exhaustivité des données de l'entreprise pour calculer le montant du redressement. Son raisonnement est fondé sur les méthodes présentées par la société et les éventuelles contradictions ressortant des données.
Il devient alors plus difficile pour le contribuable de contester car il doit non seulement démontrer l'exactitude de ses propres calculs, mais aussi déconstruire la logique algorithmique du vérificateur, ce qui suppose une parfaite maîtrise de ses données, de leur origine et de leur qualité.
Le CFCI permet toutefois au contribuable, dans le cadre du débat oral et contradictoire, d'apporter des précisions et justifications sur des cas complexes ou des exceptions.
Le CFCI incarne aujourd'hui un équilibre essentiel entre efficacité du contrôle fiscal et respect des droits des entreprises : il permet à l'administration d'accéder aux données de transaction tout en garantissant au contribuable un cadre procédural clair, fondé sur un débat oral et contradictoire.
Mais cet équilibre est appelé à évoluer. Nous entrons progressivement dans une logique de captation directe et continue des données, où l'administration fiscale accède aux flux presque en temps réel, en dehors de tout cadre formel de contrôle, comme le préfigurent déjà DAC7, CESOP ou l'obligation prochaine de facturation électronique. Cette transformation structurelle rebat les cartes du contrôle fiscal : elle renforce la capacité d'anticipation de l'administration et amène à s'interroger sur les garanties procédurales offertes aux entreprises dans cette nouvelle ère numérique.
De la procédure de contrôle à la captation multicanale des données - La captation directe des données : une mutation inéluctable
Ce mouvement de contrôle fondé sur la donnée s'est accéléré avec l'émergence d'une captation multicanale. L'administration ne se limite plus aux seules écritures comptables : elle élargit désormais son périmètre de collecte et d'analyse à des sources externes et déclaratives, grâce à de nouveaux dispositifs réglementaires.
Depuis 2023, la directive DAC 7 (directive (UE) 2021/514 du 22 mars 2021 modifiant la directive TVA, relative à la coopération administrative dans le domaine fiscal) impose aux plateformes numériques d'intermédiation (marketplaces, VTC, locations meublées, freelances…) de déclarer à l'administration les revenus générés par leurs utilisateurs. Ainsi, les plateformes deviennent un relai des administrations permettant de croiser les chiffres déclarés par les contribuables avec ceux reçus directement des plateformes.
Le dispositif CESOP (règlement (UE) 2020/283 du 18 février 2020), entré en vigueur en 2024, va encore plus loin : les prestataires de services de paiement (PSP) — banques, néo-banques, fintechs — sont désormais tenus de déclarer les paiements transfrontaliers reçus par les entreprises (dès lors qu'elles reçoivent plus de 25 paiements par trimestre). L'objectif est clair : détecter les fraudes à la TVA intracommunautaire, notamment celles reposant sur des sociétés fictives ou des ventes non déclarées.
La véritable nouveauté est que des données complémentaires sont directement portées à la connaissance de l'administration, sans qu'elle ait à exercer de droit de communication. Cela marque un changement d'échelle : l'administration dispose désormais d'un périmètre d'information bien plus large dans le cadre du contrôle sur pièces, incluant des données de transaction détaillées qui lui permettent de croiser, recouper et analyser les flux réels bien en amont d'un éventuel contrôle fiscal.
Historiquement, la détection des anomalies reposait surtout sur des comparaisons entre liasses fiscales (N/N-1) ou sur des ratios standards. Aujourd'hui, l'administration peut renforcer l'analyse des données déclarées par le contribuable grâce à un accès direct à des flux tiers, souvent en temps rapproché, ce qui facilite un « data mining » fiscal plus ciblé et une meilleure sélection des entreprises à contrôler. Cette capacité d'analyse étendue place les services vérificateurs en position de force face au contribuable, qui doit anticiper, documenter et sécuriser l'ensemble de ses flux déclaratifs et transactionnels.
Facturation électronique : vers une donnée transactionnelle probante transmise en temps réel - Un nouveau dispositif centralisé
La généralisation de la facturation électronique en France en 2026 et 2027 marque une rupture profonde dans la manière dont l'administration fiscale accède à l'information comptable et fiscale des entreprises.
La réforme repose sur deux volets :
- Le e-invoicing : transmission des factures électroniques entre assujettis à la TVA (B2B domestique).
- Le e-reporting : transmission des données relatives aux opérations non concernées par le e-invoicing (B2C, flux internationaux).
Les flux devront respecter des formats structurés (Factur-X, UBL, CII) et inclure des données détaillées (identifiants fiscaux, montant HT/TTC, nature des biens/prestations, taux de TVA, etc.), permettant à l'administration d'avoir une vision fine et rapprochée des opérations réalisées.
La transmission des factures électroniques entre assujettis passera obligatoirement par des Plateformes de Dématérialisation Partenaires (PDP) agréées. Le Portail Public gèrera l'Annuaire des entreprises et centralisera les données pour les transmettre à l'administration fiscale.
À l'échelle européenne, la directive ViDA (Directive (UE) 2025/516 du 11 mars 2025 modifiant la directive TVA, en ce qui concerne les règles en matière de TVA adaptées à l'ère numérique) prévoit une obligation de e-invoicing et de e-reporting pour les opérations intracommunautaires (B2B et B2G) au 1er juillet 2030 et l'harmonisation des régimes nationaux existants avec la norme de l'UE au 1er janvier 2035.
Le mécanisme envisagé, de type clearance, imposera une déclaration en quasi-temps réel des transactions B2B transfrontalières, avec un format harmonisé dans toute l'Union. L'objectif est de réduire drastiquement la fraude à la TVA, d'améliorer l'efficience des contrôles et de renforcer l'interopérabilité entre administrations fiscales.
Facturation électronique : vers une donnée transactionnelle probante transmise en temps réel - Une évolution majeure : la donnée devient le fondement du redressement
Ce mouvement vers une transparence totale transforme le rôle de la direction fiscale dans les entreprises : celle-ci doit désormais maîtriser le cycle de vie de la donnée fiscale, veiller à sa qualité dès l'origine, et intégrer la conformité dans les outils et les processus métiers. L'enjeu n'est plus uniquement déclaratif, mais structurel : le contrôle est anticipé, systématisé, algorithmique.
Contrairement au FEC, la facture électronique constitue une donnée d'origine, émise et transmise avant même sa comptabilisation. L'administration n'aura plus à faire de demande de traitement pour avoir accès à la donnée, elle y aura accès en temps réel.
Elle pourra ainsi tracer les flux (notamment intragroupe) en continu et les recouper, le cas échéant, avec les informations figurant dans la comptabilité (FEC).
Les risques sont évidents :
- Les écarts entre les factures transmises et les déclarations fiscales pourront entrainer une vérification de comptabilité ou un examen de comptabilité puisque l'administration connait déjà le montant de son redressement.
- Les défauts d'enregistrement, erreurs de TVA ou omissions seront facilement identifiables grâce aux flux transmis.
- Le droit au débat oral et contradictoire sera restreint, car les données transactionnelles, une fois transmises, seront difficilement contestables. Il est possible toutefois que l'administration procède à tort à un redressement à tort car elle n'aura pas recueilli les justifications du contribuable comme cela était le cas lors des demandes de traitement (CFCI).
À terme, les données issues de la facturation électronique seront utilisées pour préremplir les déclarations CA3, ce qui réduira encore davantage les marges d'erreur et de discussion, rendant la conformité plus systématique et automatisée.
Un impératif : gouverner la donnée fiscale pour ne pas subir la transparence
Le contrôle fiscal numérique n'est plus un événement ponctuel : il devient un processus continu, alimenté en permanence par des flux interconnectés. Hier simple outil de justification comptable, la donnée est maintenant au cœur de l'analyse, du ciblage, du redressement. Dans ce contexte, les entreprises ne peuvent plus se contenter de répondre a posteriori aux demandes de l'administration : elles doivent intégrer la fiscalité dans la gestion active de leur système d'information.
Cela suppose une gouvernance solide des données fiscales : structuration des flux, fiabilité des outils comptables, traçabilité des traitements, tableaux de bord pour les directions fiscales, collaboration étroite entre la DSI, la DAF et les fiscalistes.
Dans cette nouvelle ère de fiscalité numérique, il devient essentiel que les entreprises prennent activement en main la question des garanties du contribuable. À mesure que les administrations accèdent directement aux données en temps réel et mobilisent des algorithmes d'analyse de plus en plus sophistiqués, elles doivent veiller à connaître les données traitées, comprendre les logiques algorithmiques appliquées, et surtout, préserver les conditions d'un débat oral et contradictoire. Ce droit fondamental ne doit pas s'effacer derrière la fluidité des échanges de données automatisées : il constitue un rempart indispensable pour assurer l'équité du contrôle. Cela implique aussi que les fonctions fiscales se dotent des outils et compétences pour dialoguer à armes égales avec l'administration, en assurant traçabilité, justification et compréhension des traitements numériques qui peuvent fonder une décision de redressement.
À l'heure de la facturation électronique et de la surveillance algorithmique, la seule réponse soutenable est une posture proactive : maîtriser ses données pour maîtriser son risque fiscal. La transparence s'impose, certes, mais elle peut aussi devenir un levier de confiance et de performance si elle est gouvernée.
